Suzuki moto ha montato su entrambe le Gsf Bandit 650 i dischi flottanti per quel che riguarda i freni a disco anteriori (290mm), dotati di pinze a due pistoncini.
I freni posteriori delle Bandit 650 (240mm), sempre a disco è composto da due pistoncini che lavorano contrapposti.
Riguardo l'impianto frenante, l'unica cosa che contraddistingue la Bandit 650 S dalla Bandit 650, è la disponibilità dell'ABS.